数年間、文献の情報、文献のファイルの管理に Mendeley を利用してきましたが、昨年から Zotero に乗り換えました。
Mendeley で扱っていた文献データを Zotero へ移行することも可能ですが、以下のページで説明されているように、それには一度古いバージョンの Mendeley にダウングレードしなければいけないです。
[メモ] Mendeley: Exodus ~Mendeley から Zotero への移行の手引き~ - ill-identified diary
なぜこんな面倒なことをする必要があるかというと、（version 1.18 より）新しい Mendeley ではデータベースが暗号化されてしまい、外部のソフトが読み込めないためだそうです。
データベースを暗号化した形で保持するようになったのは、EUの「General Data Protection Regulation（GDPR）」のためだと Mendeley（Elsevier社） は説明しているようです。しかし、これについて、Zotero のアドオンの一つである Better BibTeX for Zotero（BBT） の作者は、実際は他のソフトへの移行を妨げることを意図としているのではないかと以下のツイートで言っています。
The reason for that is that Mendeley has started encrypting the database. They're saying "GDPR forced us" but have been unwilling to explain where the GDPR says this for 3 years and counting. It effectively locks out smooth migrations, and that seems very much on purpose.
— Emiliano Heyns (@retorquere) April 17, 2021
私は詳しいことはわからないですが、確かに文献のデータを暗号化する意味ってなんなんだろうと不思議に思います。文献って、基本的に公刊された文献ですから、その情報が漏れたらまずいことなんて普通はないのではないかと思います。
また、BBT の作者は以下のようにも書いています。
Zotero is *much* better than mendeley at bibtex with my bbt plugin. Mendeley suffices for simple things in bibtex but its engineers seem not to ever have read the manual - they get very basic things wrong.
— Emiliano Heyns (@retorquere) April 27, 2021
BibTeX と連携させるという点では、Zotero + BBT は Mendely よりもはるかに便利だと言っています。これは確かにそうだと思います。Zotero + BBT は BibTeX データを出力する際に、形式や内容をかなり細かく調整できて、自由度が非常に高いです。一方、Mendely も BibTeX 用データを出力できますが、形式の調整はほとんどできないです。
Zotero では文献に一緒に PDF ファイルを登録できる機能がありますが、そのPDFファイルを見るのには外部の PDF ビューワーを用いるようになっています。しかし、開発版では Zotero 内に PDF ビューワーを備え、PDF ファイルへの書き込み（メモ）などをできるようになっています。ただ、似た機能は Mendeley では既に実装されていますが。
