Emacsは昔は英語用のエディタでしたが、今では多言語を扱えます。ただし、Windows上では日本語の入力について少し問題があります。
普通、Windowsで日本語を入力するときには、マイクロソフトのMS-IMEを利用すると思います（人によっては他のIME、例えばジャストシステムのATOK等を使う人もいるかもしれませんが）。普通の人にとっては、日本語入力＝MS-IMEで入力と言ってもいいでしょう。しかし、素のEmacsはMS-IMEには対応していません（厳密に言えばMS-IMEで入力できますが、インラインでの入力に対応していません）。
このため、素のEmacsで日本語入力をするにはちょっと特殊な方法をとる必要があります。あるいは、素のEmacsではないものを使う必要があります。
いろいろ方法はありますが、現時点での主な選択肢は以下の4つだと思います。
EmacsでQuailを利用する
1はEmacsに付属のQuailという日本語入力機能を使うという方法です。元々、Emacsに付属しているものですので、Emacsをインストールすれば、特に面倒な設定はなく、すぐに利用できます。しかし、Quailは変換効率が非常に悪いという問題があります。ちょっと日本語を入力するという程度でしたら、これでも十分ですが、日本語の文章をたくさん書くという場合にはお薦めできません。
EmacsでSKKを利用する
2はSKKというマクロ（lipsのプログラム）を利用して、Emacs上で日本語入力を実現する方法です。SKKは一旦使い方を覚えれば結構快適に日本語入力ができますので、古くからEmacsを利用している人はこの方法で日本語入力をしている人が多いのではないかと思います（私もSKKで入力をしています）。 しかし、この方法については、
という問題があります。自分で外部のマクロの導入方法がわかる人にはお薦めですが、Emacsの初心者にはちょっと薦めにくいです。Meadowを利用する
MeadowというのはEmacsの派生ソフトで、Emacsに様々な修正が加えられたものです。MS-IMEへの対応もされていますので、普通のWindows用ソフトと同じように日本語入力ができます。一時期は、日本人でWindowsでEmacsを使いたい人のほとんどがこのMeadowを使っていたのではないかと思います。私も利用していましたし。
しかし、最近Meadowは更新されていません。Emacsの現在の最新版はEmacs 23ですが（もうすぐEmacs 24がリリース）、Meadowは最新版（Meadow3）であっても元になっているEmacsはEmacs 22です。このためMeadowではEmacs 23で導入されたような機能は使えません。ただし、Emacs 22でもEmacs 23でも基本的な機能は大きくは変わりませんので、最新の機能はいらないというような人ならMeadowを利用するという選択もいいと思います。
IME対応パッチをあてたEmacsを使う
上で述べたようにGnuがリリースしている公式版のEmacsはMS-IMEには対応していません。しかし、MS-IMEに対応した版（IMEパッチをあてた版）も作成されています。このIMEパッチを当てたEmacsならMS-IMEで日本語入力ができますし、しかも新しい版のEmacsも利用できます。
MS-IME対応のパッチをあてたEmacsは、例えばgnupackで配布されています。
どの方法がいいか？
私自身は素のEmacs上でSKKを利用して日本語入力をするという方法をとっていますが、Emacsの初心者でしたら、3番目か4番目の方法をとるのがよいと思います。まあ、どっちかというとgnupackを利用するのがいいかなと思います。gnupackでしたら、Emacsと一緒にcygwin（Windowsに移植されたUnixのツール群）もインストールできますので。ただ、やっぱりそれなりに敷居は高いですね。
